Dyplom lekarza weterynarii uzyskał w 1972 r. na Wydziale Weterynaryjnym Wyższej Szkoły Rolniczej w Olsztynie. Jest m.in. specjalistą użytkowania i patologii zwierząt doświadczalnych oraz członkiem honorowym Polskiego Towarzystwa Patologów. Pracując na macierzystym wydziale uzyskał szeroką wiedzę i doświadczenie w dziedzinie patomorfologii weterynaryjnej i weterynarii sądowej. Ponadto dokształcał się w tym zakresie na UJ w Krakowie i UW w Warszawie. Jest też specjalistą z zakresu użytkowania i patologii zwierząt laboratoryjnych (od 2008 r. jest krajowym kierownikiem tej specjalizacji) oraz epizootiologii z administracją weterynaryjną. Zdobył wszystkie stopnie naukowe, a w 1997 r. tytuł naukowy profesora. Przebywał na stypendium naukowym w Zakładzie Anatomii Patologicznej Królewskiego Uniwersytetu Weterynarii i Rolnictwa w Kopenhadze (1977) oraz na misjach naukowych w RFN (1985) i Indiach (1986-1987), a w ramach programu Erasmus trzykrotnie w Hiszpanii i po cztery razy na Litwie i we Włoszech. Pracował w ramach Komitetu Nauk Weterynaryjnych PAN oraz jako ekspert w Europejskim Urzędzie ds. Bezpieczeństwa Żywności w Parmie. 
Jest członkiem wielu krajowych i zagranicznych towarzystw naukowych, w tym pełniącym funkcje w ich zarządach. Jest promotorem 15 prac doktorskich. Jako autor lub wsp. posiada prawie 300 oryginalnych publikacji naukowych, ponad 150 prac przeglądowych, około 350 komunikatów, 31 ekspertyz naukowych i 7 prawnych oraz ponad 600 ekspertyz procesowych. Ma też w swoim dorobku 21 podręczników i książek naukowych. Jego prace naukowe cieszą się dużą poczytnością i cytowalnością www.researchgate.net/profile/Jozef_Szarek.
Prof. Szarek rokrocznie uczestniczy w krajowych i zagranicznych zjazdach naukowych przedstawiając swoje osiągnięcia naukowe. Za pracę na rzecz nauki był wielokrotnie wyróżniany, m.in. w 2019 r. członkostwem honorowym Polskiego Towarzystwa Patologów: http://pol-pat.pl/index.php/czlonkowie-honorowi/.  .
W naszej Przychodni profesor, jako ,,osoba współpracująca z podmiotem działalności gospodarczej”, wykonuje różne czynności oraz zajmuje się weterynarią sądową i udziela konsultacji patomorfologicznych, szczególnie w zakresie onkologii.
Zainteresowania pozazawodowe to poezja i działka. Opiekuje się dwoma uroczymi jamnikami.